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Risorse per lo studio e la ricerca in ambito Biomedico: PUBMED

In questa guida sono illustrate le principali risorse disponibili e le principali banche dati di ambito biomedico.

PUBMED

Tipologia: banca dati bibliografica.
Ambito disciplinare: Medicina, Odontoiatria, Infermieristica, Biologia, Farmacia, Veterinaria, Psicologia, Neuroscienze
 
Nuova interfaccia di Pubmed
 
 
PubMed è una delle principali banche dati di ambito biomedico. E' costituita da oltre 30 milioni di citazioni bibliografiche della letteratura scientifica provenienti dalla banca dati MEDLINE, da riviste nell'ambito delle scienze della vita, e da una collezione di ebook online.
Le citazioni di PubMed e gli abstract coprono i campi della medicina, biologia, scienze comportamentali, chimica, bioingegneria, scienze infermieristiche. PubMed offre l'accesso a siti web e links ad altre risorse di biologia molecolare del National Center for Biotechnology Information. 

E' disponibile una guida aggiornata su PubMed al seguente link: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/

La risorsa è raggiungibile dal nostro portale insuBRE.

  • Ricerca per parole libere in PubmedL'interrogazione può essere effettuata nel linguaggio naturale, che verrà tradotto automaticamente dal sistema in una formula di ricerca più ampia;
  • Il criterio della pertinenza (Best Match) è l'opzione di default per l'ordinamento dei risultati, che è comunque sempre modificabile se si preferisce quello per data (Most Recent);
  • Tra i risultati della ricerca sono inclusi gli snippets, frammenti di testo ripresi dall'abstract dell'articolo in cui sono evidenziati in grassetto i termini inseriti nella stringa di ricerca oltre ad eventuali sinonimi e termini affini;
  • E’stata potenziata la ricerca dei sinonimi, delle varianti dei termini (es. ricerca di singolari e plurali senza la necessità di utilizzare troncamenti);
  • Migliorata la mappatura dei terimini in British English e American English;
  • La ricerca è più intuitiva e affidabile;
  • L’interfaccia è stata adattata ai dispositivi mobili

Ricerca in pubmed e autocompletamentoLa ricerca in PubMed si è semplificata notevolmente con la nuova interfaccia.

Per effettuare una ricerca partendo dalla stringa di ricerca principale occorre:

  • Identificare i concetti chiave della ricerca
  • Inserire il o i termini o i concetti chiave nella «Search box»
  • Avviare la ricerca col tasto Search

IMPORTANTE:

Non è necessario inserire punteggiatura, tags, operatori booleani, o caratteri di troncamento (es.*).

In molti casi non è necessario utilizzare una particolare sintassi, PubMed infatti utilizza alcuni strumenti per recuperare i risultati più rilevanti:
Il Best Match ordina i risultati secondo un algoritmo per mettere al primo posto dell’elenco quelli che sono più rilevanti.
E inoltre presente una funzione di «autocompletamento» per fornire dei suggerimenti partendo dalle parole inserite. E’ presente anche una funzione che suggerisce dei termini
corretti in caso di errore di scrittura.

Come limitare i risultati in PubmedCOME LIMITARE I RISULTATI IN PUBMED

Se si recuperano troppi risultati si può intervenire in diversi modi:

  • Sostituire il termine ricercato con uno più specifico (es. "Low back pain" invece di "Back pain");
  • Includere altri termini assieme al termine ricercato;
  • Usare i filtri presenti nella barra laterale a sinistra;
  • Usare i qualificatori dei MESH Terms  (es. Headache/drug therapy)


COME AUMENTARE I RISULTATI IN PUBMED

Se i risultati sono troppo pochi si può:

  • Utilizzare la funzione «Similar Articles» presente tra i dettagli del record;
  • Rimuovere termini estranei, troppo specifici dalla Search box;
  • Usare termini alternativi per descrivere il concetto che si sta cercando.

Filtri in PubmedPer limitare il numero di risultati ottenuti è possibile utilizzare i Filtri, "Filters", presenti nella barra di navigazione a sinistra.
I filtri sono raggruppati per categorie:

  • Disponibilità del testo - TEXT AVAILABILITY (es. free full-text, abstract);
  • Tipologia di articolo - ARTICLE TYPE (es. Review, Clinical Trial, ecc...);
  • Data di pubblicazione - PUBLICATION DATE

Se si desidera aggiungere nuove categorie di filtri occorre selezionare la funzione "Additional filters". Si possono cosi' aggiungere ulteriori filtri  quali:

  • tipologie di pubblicazione, (ad es: Practice guideline, Validation Study, Clinical trial, ecc..);
  • specie (umane o animali);
  • lingua di pubblicazione;
  • sesso;
  • soggetti (es. AIDS, Cancer, ecc.);
  • tipologie di riviste (Dental Journals, Nursing Journals, ecc.);
  • fasce di età (es. Child, Adolescent, Aged, ecc...).

Con il pulsante "Reset filters" è possibile ritornare alla configurazione di default.

Clipboard di Pubmed​SALVARE I RISULTATI

Una volta ottenuto un elenco di record bibliografici dalla ricerca, è possibile salvarli tutti o una selezione, utilizzando la funzione CLIPBOARD. I record salvati in questa cartella restano sul server fino a 8 ore di inattività, dopo le quali vengono cancellati. Creando un account in "MY NCBI" è possibile salvarli definitivamente.

 

 


 

 


 

 

Funzione di citazione in PubmedCITARE UN DOCUMENTO

Per citare un documento è presente nella parte inferiore del record bibliografico la funzione "Cite", con la quale si puo’ salvare la citazione scegliendo anche tra diversi stili citazionali. Utilizzando il bottone «Cite» apparirà un popup dove è presente la citazione bibliografica e le diverse funzioni disponibili, come Copy, Download e Format.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Funzione Condivisione in PubmedCONDIVIDERE UN RECORD

Per condividere un record si puo’ utilizzare la funzione "Share" e postarla sui principali social quali Facebook o Twitter o copiare automaticamente il link relativo al record e inviarlo ad es. per email o incollarlo in un documento word.

La visualizzazione dei record è personalizzabile.

Sorted by (Ordinamento per)

Di default i record sono visualizzati in ordine di «Best match» (quelli più pertinenti all'argomento), ma è possibile utilizzare altre opzioni quali "Most recent" (cioè quelli aggiunti recentemente nel database) o "Publication date" (ordinati per data di pubblicazione dell'articolo).

Opzioni di ordinamento in Pubmed

 

Format (Formato del record)

Di default i record sono visualizzati nel formato "Summary", che mostra oltre al titolo anche gli autori, il riferimento bibliografico, il PMID  e una breve porzione dell'abstract. Selezionando il formato "Abstract" viene visualizzato il riassunto per intero se è disponibile e altri elementi del record quali le Keywords, il link alle citazioni bibliografiche, agli articoli che lo citano, ai termini MESH, il tipo di pubblicazione, e il link al full-text.

Opzioni di visualizzazione in Pubmed 

 

 

 

 

 

 

Per page

Di default i record vengono visualizzati 10 per pagina. E' possibile scegliere un n. maggiore di record selezionando  tra le opzioni presentate nel menu "Per page"  ad es. 20, 50, 100 o 200.

Opzioni di visualizzazione in Pubmed 

Ricerca avanzata

Ricerca avanzata in PubmedLa Ricerca avanzata (Advanced Search) offre una serie interessante di funzioni e può essere utilizata come pagina iniziale di ricerca in PubMed. Le funzioni principali della Ricerca avanzata permettono di:

  • cercare un termine in uno specifico campo;
  • combinare tra loro le ricerche; 
  • costruire ricerche più complesse e ampie;
  • verificare in che modo la "query" è stata tradotta da PubMed;
  • confrontare i risultati delle diverse ricerche che appaiono nella "search history";

Ricerca in uno specifico campo in PubmedE' possibile ricercare un termine in un campo specifico (Field), come ad es. campo "autore" o "titolo di rivista" o "titolo dell'articolo". Per alcuni campi si attiva la funzione di autocompletamento. Per selezionare il campo in cui ricercare il termine occorre aprire il menu a tendina e selezionare il campo, es. "Title". Una volta selezionato aggiungere il termine nella "Query box" (Stringa di ricerca).
Una volta aggiunto il termine necessario per costruire la strategia di ricerca, cliccare sul tasto "Add". Nella Query box avviare la ricerca col pulsante "Search".
E' possibile definire il campo in cui cercare il termine aggiungendo accanto alla parola il relativo "tag" (etichetta) tra parentesi quadre. Ad esempio se si intende ricercare tutti gli articoli in cui è presente la parola "spine" nel "titolo" si può costruire la query scrivendo spine[TI].

Combinazione di ricerche in Pubmed nella ricerca avanzata

Le ricerche possono essere combinate tra loro selezionando la funzione "Advanced"  presente nella homepage di PubMed sotto la stringa di ricerca principale. Si aprirà la pagina contenente lo strumento di ricerca avanzata o "PubMed Advanced Search Builder" e il prospetto delle ricerche effettuate nella sessione di lavoro o "History and Search Details".

Per abbinare due o più ricerche presenti nella tabella "History and Search Details" aprire il menu con i tre puntini accanto ad una ricerca, e scegliere tra le voci presenti "Add query": la ricerca verrà riportata nella "Query box". Per abbinare questa ricerca ad un'altra, posizionarsi sulla riga corrispondente alla ricerca che si vuole abbinare, selezionare  tra le funzioni disponibili che si aprono cliccando sul simbolo dei tre puntini, una delle seguenti voci: "Add with AND", "Add with OR", "Add with NOT". Le ricerche possono a questo punto essere abbinate tra loro utilizzando il pulsante "Search" presente nella "Query box".
E' possibile utilizzare i numeri identificativi delle ricerche per abbinarle, digitandoli direttamente nella Query box utilizzando il simbolo del cancelletto accanto al numero della ricerca es.#3 e l'operatore booleano appropriato, es. #20 AND #18. E' importante che la sintassi sia precisa, quindi utilizzare il simbolo # e il n. identificativo della ricerca senza spazi. Utilizzare inoltre l'operatore booleano in maiuscolo.

Le citazioni salvate nella Clipboard sono contrassegnate dal numero #0 e possono essere utilizzate negli abbinamenti.

PUBMED

A questo link è disponibile la nuova interfaccia di PubMed: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

nuova interfaccia di Pubmed

PRINCIPALI NOVITA' DELL'INTERFACCIA DI PUBMED

La nuova interfaccia è stata sviluppata per una navigazione migliore e una ricerca più intuitiva e affidabile. E’ migliorato lo strumento di ricerca dei sinonimi, dei termini inseriti solo al singolare e ricercati anche al plurale e della ricerca per parole libere.

LINK UTILI

In ottobre 2019 è stata rilasciata la nuova interfaccia di PubMed. La vecchia versione non è più disponibile ed è stata sostituita dalla nuova versione. 
A questo link è disponibile una guida alla banca dati: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/
A questo link è disponibile il Thesaurus di PubMed: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/